一级主任科员和四级主任科员的区别是等级不同：一级主任科员是综合管理类公务员职级中的三等一级；四级主任科员是综合管理类公务员职级中的三等四级。

综合管理类公务员职级序列分为：一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员。

四级主任科员和三级主任科员在车补、餐补、通讯补贴等福利性补贴，以及级别工资、年终考核绩效方面拿的都是同样标准，没有差距。

区别主要是在职务工资等基础性工资方面，三级主任科员应发额要比四级主任科员高出100多元，扣除五险两金后实际也就增加几十元。