1、盈利目的不同。
企业单位：是指以盈利为目的生产性单位，国企就是属国家所有的企业单位。国有企业，是指国家对其资本拥有所有权或者控制权，政府的意志和利益决定了国有企业的行为。国有企业是国民经济发展的中坚力量，是中国特色社会主义的支柱。
事业单位：是指不以盈利为目的，由国家行政机关举办，受国家行政机关领导，没有生产收入、所需经费由公共财政支出、不实行经济核算、主要提供教育、科技、文化、卫生等活动非物质生产和劳务服务的社会公共组织，事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体。
2、绩效工资来源不同：
企业绩效工资完全取决于企业盈利情况，根据企业的薪酬战略及绩效考核结果进行发放。
事业单位根据单位不同类别，其绩效工资的经费来源和保障有所不同，义务教育中小学绩效工资经费来源主要由县级财政保障，省级财政统筹，中央财政对中西部及东部部分财力薄弱地区给予适当补助。
