上述实验存在一个明显的缺陷。该缺陷以及合理的改进方案是：

第一步，本题考查物理知识。
第二步，由于实验的目的是比较甲、乙、丙三种微生物所产生的淀粉酶的活性，所以实验的自变量是不同微生物淀粉酶提取液，无关变量有各组之间PH、温度、加入提取物的量和浓度、淀粉溶液的量和浓度等。但该实验缺少对照实验，应另取试管并加入pH-8的冲液0.5mL、蒸馏水2.3mL、淀粉溶液1ml，以此为标准才能更好的总结观察出实验的结果。
因此，选择D选项。